燻製が体に悪いのは（ある意味）事実です。
木材を不完全燃焼させることにより生じる燻煙には、多環芳香族炭化水素（PAH）などの発がん性を有する成分が含まれています。そのため、肉や魚に対する長期保存目的での燻煙の利用は減少傾向にあります。
しかし、常識的な範疇での摂取量であれば何の問題もありません。
燻製が体に悪いとされる根拠は？
燻煙には、様々な成分が含まれています。
木材の燻煙には、微生物の増殖を抑制するホルムアルデヒドや酢酸などの有機酸の他、抗菌活性を有するフェノール化合物などが含まれています。pHが下がることにより微生物が増えにくくなり、抗菌性によって酸敗臭が生じにくくなります。
しかし、燻煙には抗菌化合物以外の成分も含まれています。
特に問題とされるのが多環芳香族炭化水素類（PAH）です。PAHには発がん性が証明されており、すべての木材において燃焼温度が高くなるほどに多く生成されます。そのため、商業用の燻製器にはPAHの付着量を少なくする工夫が施されています。
このことが、「燻製は体に悪い」という意見の根拠になっています。
燻製を食べても問題はない？
燻製を問題視する必要はありません。
燻製のPAH濃度が高いことは事実です。しかし、PAHは有機物が不完全燃焼及び熱分解された結果として生成されるものですので、大気中にも存在しますし、調理（焼く、炒める、揚げるなど）によっても生成されます。
体への害はないと考えるのが妥当です。
多少、不安をあおるような表現になってしまっている部分はありますが、基本的には無害だと考えてもらって大丈夫です。たとえば、燻製に含まれる有害物質と同様の成分は焚火をしていても生成されるものです。
焚火を不安視する方はいません（いたとしても少数派です）よね？
参考 燻煙及び直接乾燥工程における食品の多環芳香族炭化水素（PAH）汚染の低減に関する実地規範農林水産省【まとめ】燻製は体に悪い？
燻製は、食品を燻煙することにより芳香成分がしみ込み、香気と彩りが加わります。また、燻煙の静菌性及び抗酸化的な役割により保存性も良くなります。しかし、同時に多環芳香族炭化水素（PAH）などの発がん性物質も生成されてしまいます。有害性があることは事実ですが、常識的な範疇であれば問題になることはありません。
