ゆで卵の卵黄は、変色することがあります。
卵黄の変色は、「卵の鮮度が落ちている」「必要以上に茹ですぎている」と起こりやすい現象です。変色自体に害はありません(食べても問題はありません)が、気持ちの良い色ではありませんのでできることなら変色させたくはありません。
変色の仕組みと変色させないポイントを説明していきます。
卵黄表面が変色する仕組みは?

黒緑色の正体は、硫化第一鉄です。
卵の卵白には硫黄を含むアミノ酸が含まれています。卵が加熱されると、硫黄を含むアミノ酸が分解されることによって硫化水素が発生し、硫化水素と卵黄に含まれている鉄分が結びつくことによって硫化第一鉄となります。
- 卵白が加熱されて硫化水素が発生する。
- 硫化水素と卵黄の鉄分が反応する。
- 硫化第一鉄となり黒緑色に変色する。
そのため、卵黄の表面だけが黒緑色に変色します。
食べても害はありません。変色部分のみを集めて多量に食べれば問題になり得ますが、一般的な意味での毒物や有害物ではありませんので心配する必要はありません。
補足説明
卵白に含まれる硫黄を含むアミノ酸(含硫アミノ酸)の正体は、シスチンやメチオニンです。シスチンは髪に良いとされるアミノ酸です。卵が髪に良い食材だと言われているのは、シスチンが不足することにより髪が細くなったり薄くなったりすることが確認されているためです。
変色しやすくなる条件とは?

卵黄の変色は、一定条件下で加速度的に進みます。
それが、「卵の鮮度が落ちている」ことと「過剰に加熱をしてしまっている」ことです。前者は塩基性に傾くために変色しやすくなり、後者は発生した硫化水素と卵黄の鉄分との反応時間が長くなることから変色しやすくなります。
- 鮮度:卵白の分解により塩基性に傾く
- 加熱:硫化水素と鉄分の反応時間が長くなる
これらのことからも、「古い卵のかたゆで卵は変色しやすい」ということになります。
変色させないためには?

卵黄の変色を防ぐためには、3つのポイントがあります。
それが、「古い卵を使わないこと」「必要以上に加熱しないこと」「茹でた後はすみやかに冷水で冷やすこと」の3点です。冷水にとるのは、内圧が下がることにより「硫化水素と鉄分との結びつきを弱められる」ことができるためです。
しかし、ゆで卵特有の難しさもあります。
ゆで卵は、卵が新鮮であるほどに殻を剥きにくくなります。卵黄の変色を恐れるばかりに卵白をボロボロにしてしまっては意味がありませんので、殻を剥きやすくなおかつ固ゆで卵にしても卵黄の変色を起こさせないことがポイントになります。
補足説明
ゆで卵は沸騰したお湯に冷蔵庫から出したばかりの卵を入れて作ることをおすすめします。その方が季節による温度差が小さくなりますので、年間を通して品質の安定したゆで卵を作れるようになります。また、ゆで時間は鍋の大きさや材質などによっても変化する問題ですので、実際に試してみることが大切です。
まとめ
ゆで卵の変色原因は?
ゆで卵の卵黄は、黒緑色に変色してしまうことがあります。卵黄の変色は「硫化水素と卵黄の鉄分が反応して硫化第一鉄が生じることによるもの」ですので、硫化水素の発生量を抑えることと反応時間を短くすることが変色させないポイントになります。とはいっても、常識的な量であれば食べても害になることはありませんので、気にしなくても大丈夫です。