ぬか床のアンモニア臭は危機的な状況です。
ぬか漬けを美味しくするためにはうま味の食材（昆布、干しシイタケ、かつお節、煮干しなど）を加えることがありますが、たんぱく質を加えすぎるとアンモニアが生じて腐敗菌が増えやすくなります。
アンモニアは塩基性（アルカリ性）ですので腐敗菌を増やしてしまいます。
アンモニア臭の原因はたんぱく質？
たんぱく質はアンモニア臭の原因になります。
かつお節や煮干しは海水魚です。海水魚は体液の濃度を維持するために豊富なアミノ酸やアミン類を含んでいます。これらの成分は“うま味”となりますので、結果として淡水魚よりも味が良いとされています。
しかし、TMAOや尿素も豊富に含んでいます。
TMAO（トリメチルアミンオキシド）は細菌に分解されてTMA（トリメチルアミン）=「魚の腐った臭い」になりますし、尿素はアンモニアに変換されるために「アンモニア特有の刺激臭」になります。
また、雑味の問題もあります。
塩基性（アルカリ性）でぬか床が腐る？
アンモニアはぬか床を腐らせます。
ぬか床に生育している発酵菌（乳酸菌や酵母菌など）は酸性を好む微生物ですので、アンモニアによりぬか床が塩基性（アルカリ性）に傾いてしまうと発酵菌が死滅して塩基性を好む腐敗菌が増殖してしまいます。
アンモニア臭は危機的な状況である証拠です。
| 微生物 | 特徴 |
|---|---|
| 発酵菌 | 酸性を好む |
| 腐敗菌 | 塩基性を好む |
ぬか床は塩分濃度と酸性pHで腐敗を防いでいます。
ぬか床に生育する微生物は耐塩性（塩分濃度6~8%）を持ち酸性pH（水素イオン指数4.3前後）を好みます。そのため、水素イオン指数が塩基性に傾いてしまうと耐塩性を持ちつつ塩基性を好む腐敗菌が増えてしまいます。
ぬか床を腐らせたないためには、塩分濃度と水素イオン指数のコントロールがポイントになります。
ぬか床のうまみを強くするには？
ぬか漬けはうま味の強い漬けものです。
ぬか床のうまみはその大部分が米ぬか由来のものです。米ぬかに含まれている豊富なたんぱく質は微生物により分解されてうま味を有するアミノ酸になります。そこに昆布や干しシイタケのうまみが加わって味を複雑にしています。
よって、かつお節や煮干しはなくても美味しいぬか漬けになります。
しかし、冷蔵庫管理を前提としているぬか床レシピの場合には積極的に動物性たんぱく質（かつお節や煮干しなど）を加えることもあります。ぬか床を低温管理すると「発酵が進まない（発酵スピードが鈍化する）」ために動物性たんぱく質に頼らざる得ないためです。
これらのことからも、常温管理のぬか床にかつお節や煮干しなどを加える場合には細心の注意を払いつつ少量で試してみることをおすすめします。
【まとめ】ぬか床のアンモニア臭は腐る前ぶれ？
ぬか床のアンモニア臭はたんぱく質（主に海水魚）が分解されることで生じます。アンモニアは塩基性であるためにぬか床の酸性度を薄めて腐敗菌の増殖しやすい環境を作ってしまいます。このことからも、アンモニア臭のするぬか床は危機的な状況であるといえます。基本的に、ぬか床の管理に慣れるまではかつお節や煮干しなどは加えずに管理することをおすすめします。例外的に常時冷蔵庫管理をしているぬか床の場合にはかつお節や煮干しを積極的に加えていくこともあります。
